Ovviare al problema è possibile e molto semplice, e richiede un solo passaggio supplementare. Si deve installare il software open source Sigil, un editor  WYSIWYG di ebook.
Si apre l’epub da convertire, si edita l’unico file css e si elimina la riga relativa alla definizione del font, che generalmente ha questo aspetto:

{
font-family: Georgia, Garamond, serif, sansserif, monospace;
}

A questo punto si salva l’epub e lo si apre e converte come di consueto con Calibre.
Il Mobi risultante sarà presentato dal Kindle con i caratteri di sistema del dispositivo, molto più leggibili.