ad esempio (mooolto rozzamente in questo esempio al volo…) puoi usare le proprietà dei css, ad esempio in un div:

add_filter('wp_nav_menu_items','add_search_box', 10, 2);
function add_search_box($items, $args) {

        ob_start();
        get_search_form();
        $searchform = ob_get_contents();
        ob_end_clean();

        $items .= '
' . $searchform . '
';

    return $items;
}